Microarray 데이터 전처리(RMA)

전처리가 필요한 이유

2-color Micro array에서 발현량을 signal로 비교한다. 이때 background 효과를 제거, normalization 이 필요하고

형광 signal 값을 발현량 값으로 변환이 필요하다.

 

RMA preprocessing

 

위에서 말한 변환 과정을 RMA라고 한다.

# assayData를 RMA 전처리

RMA_assay <- rma(exprs(eset))

 

row data와 RMA 처리한 data 비교

1. histplot

 2. boxplot

3. MAplot