바이오 데이터11 [약동학] 약동학 parameters 약물 투여 루트(2가지 기준) 1. Enteral vs Parenteral - 소화관으로 넣는지 아닌지로 구분, 실제 약물을 적용할 때 편한 분류기준 ● Enteral : 소화관으로 투여, Oral(입), Rectal(직장) ● Parenteral : 소화관이 아닌 곳으로 투여, Injection(정맥, 근육주사), Topical(피부), Respiratory(호흡기) 2. Intravascular vs Extravascular - 혈관으로 즉시 투여와 혈관이 아닌 곳으로 투여, 흡수과정의 유무에 따라 나뉜다. 약동학 실험 시 사용하는 기준 ● Intravascular - 정맥 또는 동맥으로 직접 약을 투여한다. - 흡수(Absorption)과정이 없다. - 즉시 효과가 나타난다. (onset : 효과가.. 2021. 4. 14. [약동학] 약동학 이해 ADME 약동학이란 약의 성질을 시간에 대한 함수로 나타낸 학문 약의 흡수, 퍼짐, 대사, 배출 4가지에 대한 성질(ADME)을 나타낸다. 최근에는 독성까지 포함하기도 한다. 신약개발에 있어 가장 많이 실패하는 이유는 Biopharmaceutical Properties가 부족해서이다. 즉, 약동학의 ADME가 기준에 미치지 못해서이다. 신약개발에 있어 약동학이 중요한 이유가 된다. 1. Absorption : 약을 투여한 후 흡수가 되는 속도 2. Distribution : 흡수가 된 후 몸으로 퍼져나가는 정도 3. Metabolism : 간 등에서 약이 다른 구조로 변하는 속도 4. Excretion : 약이 몸에서 배출되는 속도 1. Absorption - 약을 투여한 위치에서 약의 수치를 측정 가능한 부위(.. 2021. 4. 12. [유전체 분석] R을 이용한 clustering Clustering 데이터를 기반으로 비슷한 특성을 갖는 값들을 집단으로 분류하는 과정이다. 비지도 학습으로 집단의 개수, 분류 기준에 따라 결과가 달라진다. 목차. 유전체 분석에서 많이 사용되는 clustering 방법 1. Hierarchical clustering 2. Consensus clustering 3. NMF clustering Expression Set의 데이터 전처리(cluster 하기 위한) 유전체 분석에서 많이 사용되는 clustering 방법 ● Hierarchical clustering 가장 일반적으로 사용되는 방법이다. 가장 비슷하다고 생각되는 것을 묶어가며 군집화 한다. 최종적으로 1개의 군집이 될 때까지 진행한 뒤 그래프를 기준으로 적당한 클러스터 개수에서 분류한다. 아래 .. 2021. 3. 19. Differential Expression Gene(DEG) with R DEG(차등 발현 유전자 분석)은 microarray나 RNA-seq을 이용한 분석방법 같은 유전자에 대해 sample별로 발현량을 비교하는 방법이다. DEG 분석 후 GO, KEGG pathway 분석 등을 통해 차등 발현한 유전자의 fuctional analysis도 함께 진행한다. 목차 1. DEG 분석 (차등 발현된 유전자 골라내기) 2. 간단한 GO, KEGG-pathway 3. web을 이용한 방법 1. DEG 분석 (차등 발현된 유전자 골라내기) GEO에서 받은 데이터와 R limma package를 이용하여 분석한다. # limma 설치 및 로드 BiocManager::install('limma') # RMA 전처리한 data GSEdata # limma package를 이용하기 위해 da.. 2021. 3. 17. Microarray 데이터 전처리(RMA) 전처리가 필요한 이유 2-color Micro array에서 발현량을 signal로 비교한다. 이때 background 효과를 제거, normalization 이 필요하고 형광 signal 값을 발현량 값으로 변환이 필요하다. RMA preprocessing 위에서 말한 변환 과정을 RMA라고 한다. # assayData를 RMA 전처리 RMA_assay 2021. 3. 17. GEO 에서 데이터 다운받기(R) GEO에서 데이터 다운로드하기(web)에서 확인한 accession number를 이용합니다. R에서 GEOquery package를 이용하여 2가지 방법으로 데이터를 받을 수 있다. 1. R을 이용하여 데이터 파일을 다운받기 (web으로 받는 것과 같은 결과) - pheno, feature Data를 가져올 수 없다. 2. R 객체(ExpressionSet)으로 받기 (권장) - pheno, feature Data를 가져올 수 있다. GEOquery 다운로드 # BiocManager를 이용 BiocManager::install(GEOquery) library(GEOquery) 1. 데이터 파일 다운로드 - 파일을 로컬에 저장한다. getGEOSuppFiles('Accession number') - 저장.. 2021. 3. 17. GEO 에서 데이터 다운받기(web) GEO : NCBI에서 운영하는 공개 데이터 저장소 - microarray, NGS 등 유전체 데이터를 제공한다. - 실험 platform, sample, 실험 내용에 대한 정보로 구분하여 제공한다. - platform:GPL, sample:GSM, Series:GSE라는 명칭으로 제공 ● GEO 사이트 이용방법 1. 구글에서 GEO를 검색한다. 2. GEO 페이지 검색창에 키워드 or Accession number를 입력하면 해당 실험에 대한 데이터를 볼 수 있다. - 검색결과는 아래 빨간 필터들로 필터링하여 원하는 데이터를 찾을 수 있다. 3. 클릭하여 정보를 확인한다. 실험에 정보와 accession number를 확인할 수 있다.(기억할 것) - 해당 실험의 platfrom 정보(GPL), sam.. 2021. 3. 17. Bioconductor - 기본 자료구조(ExpressionSet, GenomicRange) Bioconductor - 유전체 분석을 위한 R package 제공 시스템 (많은 package 모음) - bioconductor 홈페이지에서 각 package에 대한 정보를 확인할 수 있다. - 분석 tool 및 예제 데이터 제공 ▶ 설치 방법 # 설치 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") # 기본 package 다운 BiocManager::install() # 특정 package 다운 BiocManager::install(원하는 package 이름) BioBase - 가장 기본적인 package - ExpressionSet 구조를 지원한다. ● ExpresssionSet - 유전자 발.. 2021. 3. 15. RNA-seq Technology ● RNA-seq 과정 samples -> isolate RNA -> cDNA -> Create sequencing library -> NGS ● RNA-seq purpose ▶ Gene expression pattern vary in - Tissue types - Cell type - Development stages - Disease conditions - Time points + detection of novel transcripts ● Uses of RNA-seq 1. Assembling and annotating a transcriptome : 새로운 RNA 찾기 2. Characterization of alternative splicing patterns 3. Gene fusion detect.. 2021. 3. 12. 이전 1 2 다음
